讲述了18岁的天空寺尊在生日当天收到亡父遗留的“幽灵眼魂”，却因此被异世界怪人“眼魔”杀害。为拯救青梅竹马月村明里和御成，他在仙人帮助下以幽灵形态复活，并借助Ghost驱动器变身为假面骑士Ghost，开启仅99天的生命倒计时。为了彻底复活，他必须收集散落的15位历史伟人眼魂，投身于守护人类命运的战斗，同时揭开父亲死亡背后的真相以及与眼魔世界的纠葛。